A ampliação do porto de São Sebastião, prevista no plano integrado Porto Cidade já esta sendo criticado há anos, porém o Governo Estadual e Federal conseguiram expeditar o licenciamento pelo Ibama, apesar do projeto não atender as exigências socioambientais que a obra requer. O Estudo de Impactos ambientais apresentado é totalmente falho e é alvo de criticas. Ate os ministérios públicos estaduais e federais já recomendaram a suspensão desse licenciamento por irregularidades. O projeto concluído irá passar por cima de aproximadamente 2/3 do santuário ecológico da baia do Araçá e aumenta em 30 vezes o fluxo de navios com destino ao porto, prejudicando as atividades fundamentais ao turismo da região, como a tradicional pratica de vela em Ilhabela.